博物馆、图书馆和标本馆  植物园内三个完全以植物为主题的博物馆、图书馆和标本馆，是在南山植物园内的原西班牙别墅、印度大使馆、法官大使馆的基础上改建而成。游客可以通过对植物的起源、发生、发展、繁殖、灭绝等一系列变化过程的趣味性介绍，了解各类植物相关知识。

据悉，标本馆内有300余种不同时期的珍贵植物，还有5000多种植物标本与化石。部分植物的根、茎、叶、果实被放大了数十倍，植物怎样从一粒种子发芽成长为成体的全过程都能清楚的观察到。据专家介绍，这些植物可以保存上百年。植物图书馆内的上万册关于植物的科普书籍，可供植物爱好者查询，免费参观。

市民在进入南山植物园后，可免费参观。有趣的是市民可以在植物专家的指导下，直接参与植物标本的制作，还可把自己做出来的标本带回家。